Actualmente se encuentra sin equipo tras ser destituido del C. D. Badajoz de la Segunda Federación.

[2]​[3]​[4]​ Su inicio como entrenador se dio formando parte de la categoría cadete del Abadiño entre 1993 y 1996, después desempeñó tareas técnicas con el fútbol base de la Cultural de Durango entre 1996 y 1999, y después pasó por las inferiores del Berriz en regional desde 1999 hasta 2002.

[8]​[9]​ Dirigió al Lemona de la Segunda B por tres temporadas desde 2004 hasta 2007.

En la temporada 2008-09, tuvo éxito al conseguir el liderato del grupo I con 75 puntos.

[12]​ En su debut en la categoría de plata en la temporada 2009-10, Alonso no pudo evitar que el equipo vasco descendiera.

Alonso llegó en sustitución de José González y conformó el cuerpo técnico junto con Karlos Barrutia como ayudante, José Antonio Morga como preparador físico y Avelino Viña como entrenador de porteros.

[15]​ Lideró la clasificación del grupo IV con 82 puntos, con una ventaja de ocho unidades con respecto al segundo lugar.

[20]​ El equipo le puso al frente un proyecto que tenía como objetivo el ascenso a Segunda.

Sin embargo, para la temporada que dirigió Iñaki, Huracán acabó lejos de la meta al concluir en el noveno puesto del Grupo III con 52 puntos, a quince del cuarto clasificado.

En total, el conjunto lorquino solo logró cuatro puntos en los primeros cuatro partidos, algo que para la directiva, que aspiraba a subir a la división de plata consideraba un resultado pésimo.

El preparador estampó su firma para dirigir al filial albiazul hasta junio de 2021.

[49]​ Tres días después, pudo igualar la serie en dos ocasiones en el partido de vuelta, pero no fue suficiente ya que su conjunto volvió a caer derrotado esta vez con cifras de 3-2.