[5]​ Originalmente fueron clasificados junto con los oxiénidos como parte de otro orden, Creodonta,[6]​ pero se ha establecido que dicho taxón es un grupo polifilético, de modo que los hienodontes no estaban especialmente relacionados con los oxiénidos.

Los hienodontes pueden haber evolucionado como un grupo originalmente endémico de África en el Paleoceno.

[7]​ La siguiente clasificación taxonómica se basa en Solé et al.

(2015):[5]​ Las relaciones filogenéticas de Hyaenodonta son mostradas en el siguiente cladograma:[8]​[9]​[10]​[11]​

Pholidotamorpha †Oxyaenodonta Carnivoramorpha †Altacreodus †Tinerhodon †Eoproviverra †Lahimia †Boualitomus †Hyaenodontidae †Proviverridae †Parvagula †Arfiidae †Limnocyonidae †Sinopidae †Pyrocyon †Gazinocyon †Galecyon †Indohyaenodontidae †Glibzegdouia †Parvavorodon †Koholiidae †Tritemnodon †Hyainailouridea †Teratodontidae †Apterodontinae †Orienspterodon †Paroxyaenini †"Pterodon" africanus †"Pterodon" phiomensis †Hemipsalodon †Akhnatenavus †Pterodon †Kerberos †Sectisodon †Falcatodon †Exiguodon †Isohyaenodon zadoki †Isohyaenodon andrewsi †Sivapterodon †Hyainailouros bugtiensis †Hyainailouros napakensis †Hyainailouros sulzeri †hyainailourine sp.