[cita requerida] Posteriormente, en el siglo XIX se utilizó como campo clínico para la enseñanza y proporcionó cadáveres a la Escuela de Ciencias Médicas.

[cita requerida] Con la Guerra de Reforma fue nuevamente requerido para auxiliar a los heridos y durante la Intervención francesa, en 1863, otra vez sirvió para atender combatientes de guerra, aunque esta vez no sólo mexicanos, sino también franceses.

[cita requerida] En 1874 las Hermanas de la Caridad y Sor Micaela Ayanz vuelven a Europa, dejando al Hospital Juárez sin su importante apoyo.

[cita requerida] Durante la Decena Trágica recibió heridos y cientos de cadáveres para ser incinerados.

Mientras se construía la nueva sede se dividió en cuatro unidades en diferentes zonas de la ciudad, Juárez I a Juárez IV, hasta que en septiembre de 1989 se inauguró la nueva casa del Hospital Juárez.