Fundado el 16 de agosto de 1888[1] surge por iniciativa del entonces presidente Juan Pablo Rojas Paúl.
[2] En su construcción participó Calixto González quien fuese alumno del doctor Vargas.
Los trabajos se extendieron hasta el 5 de julio de 1891 cuando se procedió a su inauguración formal.
El hospital fue una réplica del famoso Hospital Lariboisière de París (1839) con 1000 camas equipándosele sin escatimar ninguno, con todos los adelantos del momento; asistencia de calidad, docencia de lustre, laboratorio clínico, farmacia, nuevos procedimientos exploratorios o de tratamiento, modernas técnicas quirúrgicas que no se realizaban en centros privados.
Recibe su nombre del Doctor José María de los Dolores Vargas Ponce quien fuese un destacado médico, profesor, científico, escritor y político venezolano, que ejerció la presidencia de Venezuela entre 1835 y 1836.