Los ecosistemas donde se ha encontrado mayor presencia y diversidad de estos hongos es en los bosques templados y tropicales, pero también están presentes otros ecosistemas que cuentan con buena disponibilidad de agua la mayor parte del año.
(2013)[1] reconoce tres mecanismos mediante los cuáles los hongos endófitos pueden proporcionar protección a su hospedera: Los hongos endófitos biosíntetizan una gran variedad de metabolitos secundarios que proveen de importantes beneficios a la planta hospedera.
Dichos metabolitos han presentado mayor efectividad dentro de la agricultura y la medicina.
Esto favorece a las hospederas para evitar la infección por otros organismos patógenos.
A continuación se enlistan algunas de las actividades biológicas encontradas:[1]