[3]​[4]​ El primero en presentar argumentos para una datación mucho más reciente fue el investigador de la Universidad Simon Fraser Mana Dembo, quien sugirió que tenía unos 912 000 años, basado en sus características morfológicas.

[7]​[6]​ La morfología del cráneo se aproxima a la de los primeros Homo (H. erectus, H. habilis u H. rudolfensis) y el volumen endocraneal, con unos 500 cm³, es similar al de los Australopithecus.

Sin embargo, el tronco y extremo proximal del fémur exhiben características que lo acercan más a los australopitecos.

El pulgar, muy desarrollado, y la muñeca de Homo naledi muestran caracteres derivados, similares a los de H. sapiens y H. neanderthalensis, indicando una gran precisión manipuladora.

Sin embargo, las falanges son primitivas, largas y muy curvadas, como en Australopithecus, indicando una frecuente locomoción en ambientes arbóreos.

Por otra parte, H. naledi podría haber enterrado deliberadamente a sus muertos.