Así, para todos los asuntos relativos a las Fuerzas Armadas existía el Consejo Supremo de Guerra.
Sin embargo, con la llegada al trono español del primer Borbón, Felipe V, éste desde el principio quiso instaurar un sistema de gobierno similar al francés, mediante ministerios, pero, al mismo tiempo, intentó respetar las instituciones de la Monarquía Española.
Fernández Durán tenía una estrecha amistad con el rey, lo que evitó su caída junto con la de Alberoni en 1719 y le mantuvo al frente del Ministerio hasta 1721, año en el que se volvieron a separar.
Este departamento se encargaba de los asuntos relativos a la nueva rama militar y, para asegurar la coherencia de las políticas entre los tres, se crea un nuevo órgano común a todos los Ejércitos, el Alto Estado Mayor.
Según el historiador hispanista Paul Preston, a través de su obra Franco, Caudillo de España, el principal interés del dictador en esta separación ministerial radicaba en la idea de mantener una descoordinación entre los ejércitos que le permitiera dominar el único punto que, volviéndosele en contra, podría derrocarle.
Durante toda la dictadura se mantuvo la estructura ministerial tripartita de las Fuerzas Armadas.
Desde entonces, y ya integradas en la OTAN, este ministerio ha mejorado la preparación técnica militar y ha desarrollado las intervenciones de las fuerzas armadas en los distintos ámbitos, supeditadas al poder civil.
Cuatro fueron los ejes que han seguido los distintos ministros: Algunos de los grandes cambios conseguidos por este ministerio ha sido: En 2022, el Ejército del Aire se renombró como Ejército del Aire y del Espacio[10] y un año después se creó la Agencia Espacial Española, con doble dependencia funcional de los ministerios de Ciencia y de Defensa.