En la siguiente temporada (2006/07) no pudo consolidarse en el plantel titular, principalmente porque esta temporada se caracterizó por la crisis deportiva del club ya que los jugadores en su mayoría no tenían un alto rendimiento y no desplegaban todo su potencial en el campo de juego, cuyas consiguientes repercusiones hicieron que Jorge Burruchaga, por entonces DT de Independiente, renunciara.

Así las cosas, finalizado el Clausura 2009, Independiente cierra con un balance negativo habiendo cosechado 39 puntos en toda la temporada 2008/09 y habiendo pasado por 3 direcciones técnicas a lo largo de la temporada: las de Claudio Borghi, Pepé Santoro y el Tolo Gallego.

[4]​[5]​ En 2009, Fredes fue transferido al club ucraniano Metalist Járkov, donde no tuvo muchos minutos en cancha.

En Ucrania se vuelve ídolo siendo apodado "Magic" fredes, descollando con sus gambetas e increíbles habilidades.

En un partido incluso logra marcar un hack trick, pero 2 de esos goles le son anulados y su equipo pierde 4 a 1.

Al regresar dijo: "Cuando hace seis meses decidí irme fue porque necesitaba plata y un cambio de aire.

Luego su nivel vuelve a ser irregular, alternó buenas y malas, pero generando rechazo en la hinchada por estas últimas.

Hasta la temporada 2015 se desempeñó en el equipo del "Viaducto" jugando un total de 18 partidos sin marcar goles.