Posteriormente se integró a la cantera del Berazategui y debutó de manera oficial en 2007.

Regresó al Berazategui en enero de 2011, conjunto en el que logró consolidarse en la titularidad donde marcó goles determinantes.

No obstante, en diciembre de ese año retornó al conjunto que le formó y disputó un torneo.

Sus primeros pasos en el fútbol los dio en las divisiones inferiores del Racing Club, pero no llegó a debutar profesionalmente ya que solo estuvo un año.

Su club logró consolidar el segundo puesto de la tabla con 67 puntos, por lo que clasificó a la ronda reducida.

Las dos últimas definiciones se llevaron a cabo frente al Midland, y ambos partidos acabaron con la victoria de 2-0 para cada escuadra.

Sin embargo, el criterio de desempate por mejor ubicación en la tabla del torneo regular, dio como ganador a su equipo.

Fener tuvo acción en estos juegos y, una semana después, fue la vuelta en el Estadio Florencio Sola, lugar en el que prevaleció el empate sin goles.

Una semana después fue la vuelta en el Estadio Don León Kolbowsky, lugar en el que de nuevo prevaleció la igualdad.

[4]​ En ese mismo compromiso sufrió un fuerte golpe en la rodilla derecha, lo que tuvo como consecuencia un desgarro.

Hernán nuevamente llevó a cabo la dupla ofensiva con Gustavo Pastor y el marcador acabó en derrota con cifras de goleada 0-4.

En la temporada 2011-12 del Campeonato de Primera C, pudo hacerse un lugar como titular en los partidos que su equipo disputó en la liga, volviendo a ocupar el lugar de importancia que tenía en el club.

Su grupo aseguró el noveno puesto de la tabla con 52 puntos y clasificó al torneo reducido.

[11]​ Las semifinales fueron contra el Central Córdoba y ambos cotejos culminaron con derrota de 1-0, por lo que su club quedó eliminado.

Debutó oficialmente en la primera jornada del Campeonato Uruguayo, en el Apertura 2013 contra el Danubio en el Estadio Antonio Ubilla.

En esa oportunidad participó 84' minutos y el empate sin goles prevaleció al término del tiempo regular.

Esta situación de controversia también afectó a otros miembros del cuerpo técnico, quienes tuvieron como consecuencia los despidos.

Debido a esto, su equipo nuevamente quedó eliminado y se ubicó en el sexto puesto con 33 puntos.

Fener fue uno de los más regulares del plantel con 21 presencias, además consiguió cuatro tantos y en total disputó 1626' minutos.

Luego del partido contra Carmelita del 19 de agosto, el delantero fue suspendido por un juego y con una multa de setenta y cinco mil colones por dar un balonazo al árbitro asistente.

Y decide volver tierras ticas después de su paso en las temporadas 2016 a 2019 con el Cartaginés Con los académicos anota 11 goles en 20 jornadas.

El delantero deja al equipo académico luego de que estos perdieran su categoría en la primera división costarricense.

[27]​ Ante los rumores que lo vinculaban nuevamente con el club brumoso, el delantero sale a desmentir dichos rumores y dice que, del Cartaginés nadie lo ha contactado y por ello firma con los Guerreros del Sur, convirtiéndose así el Municipal Pérez Zeledón en su tercer club, en suelo tico.

[28]​ Hernán Fener tiene un tatuaje en su brazo izquierdo con la imagen del futbolista argentino Carlos Tévez.