Estudió en la Universidad de Stanford, donde tuvo como profesor a David Starr Jordan.

Publicó material sobre numerosos temas entre los que se incluyen crustáceos, aves, reptiles y anfibios, pero la parte más importante de su trabajo está dedicada a los peces.

[2]​ En 1916 participó con John Treadwell Nichols y Dwight Franklin en la fundación de la American Society of Ichthyologists and Herpetologists (en español: Sociedad Americana de Ictiólogos y Herpetólogos),[3]​ de la que fue tesorero hasta finales de 1927.

Henry W. Fowler también fue miembro del Delaware Valley Ornithological Club (en español: Club Ornitológico del Valle del Delaware) desde 1894 hasta el día de su muerte y asumió el cargo de presidente del Club durante el periodo 1916-1918.

[1]​ La abreviatura Fowler se emplea para indicar a Henry Weed Fowler como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.