Henry Kiseka debutó como futbolista profesional en 2007 con el Villa SC de la Superliga de Uganda.
Tras una temporada en el club fichó por el URA SC, con el que ganó la Superliga de Uganda en 2009 y 2011.
Al finalizar la temporada 2010/2011, Kiseka se fue a Vietnam para fichar por el Hoa Phat.
En 2012 fue traspasado al Đồng Nai FC, donde jugó hasta 2014.
[1] Tras jugar en el QNK Quang Nam FC, y un breve paso por el Đồng Nai FC, fichó en el mercado invernal de 2016 por el Bình Duong FC.