También luchó en Port Gibson y Champion Hill y participó en el sitio de Vicksburg, donde comandó una brigada elogiada por sus valientes acciones durante el asalto inicial a la fortaleza enemiga en mayo de 1863.

[6]​ Después de la guerra, Washburn reanudó su práctica legal y regresó a la política.

Él impugnó con éxito como republicano la elección de Daniel W. Voorhees al trigésimo noveno Congreso.

Fue nombrado agrimensor general de Montana en 1869 y sirvió hasta su muerte.

En 1870 encabezó la Expedición Washburn-Langford-Doane para explorar lo que se convertiría en el parque nacional Yellowstone.