Van Rheede sirvió bajo el Almirante Rijcklof van Goens en campaña contra los portugueses en la costa occidental de India.

[6]​ La renuncia se hizo por su oposición a medidas represivas de Van Goens, pero en 1670 es nombrado comandante en Kochi.

En 1677 se mudó a Yakarta, siendo designado en el Concejo de la India.

Se quedó durante unos seis meses pero el conflicto con Van Goens fue creciendo cada vez más feroz.

Desde 1680, pudo llamarse a sí mismo Lord de Mijdrecht.

[9]​ En 1687 el Gobernador Van der Stel abrió esa región a granjeros.

[11]​ Se reunió con Van Goens junior, un administrador ambicioso en su camino a Batavia.

Y es posible que tales raros árboles para el gran pensionario Gaspar Fagel hayan sido destruidas.

Fue publicado en doce volúmenes, y en cuatro idiomas: latín, sánscrito, árabe, malayalam.

[16]​ Linneo anotó en el prefacio de su Genera plantarum (1737) de que él no confiaba en ningún autor, excepto en Johann Jakob Dillenius en Hortus Elthamensis, Rheede en Hortus Malabaricus y Charles Plumier sobre flora americana , y también escribió que Rheede fue el más ajustado de los tres.