Durante la guerra realizó cuatro patrullas como oficial a bordo del U-445.
Luego tomó comando del U-148, su primer U-Boat.
Luego, con el U-977 realizó el famoso, y para algunos dudoso, viaje desde Noruega hasta las costas argentinas luego de la rendición de los alemanes.
Schäffer aseguró no haber disparado ningún torpedo durante su travesía, a pesar de que el U 977 llegó a Mar del Plata con diez de los catorce torpedos que podía cargar.
Luego de la guerra escribió el libro Los secretos del U-977, relatando las aventuras y el supuesto viaje de 66 días sumergido.