Sin embargo, se encontró con un duro rival en el equipo Gabord, Franck Montagny, quien llevaba dos temporadas en la categoría, habiendo ganado el campeonato en 2001.

También participó en la Copa de Naciones junto a Marcus Grönholm, acabando segundo después de que su Ferrari 360 Modena se rompiese en la final; irónicamente, perdió contra Loeb y el equipo francés.

Sin embargo, en las últimas carreras, Nico Rosberg logró el liderazgo del campeonato, ganando este al final con una diferencia de quince puntos sobre Kovalainen, quien acabó segundo.

[4]​[5]​ En su debut en el Gran Premio de Australia, Kovalainen no logró sumar puntos al llegar en el 10.º puesto.

[7]​[8]​ Heikki comienza la temporada con un quinto puesto en Australia; sin embargo, pudo ser cuarto de no pulsar el limitador de velocidad a una vuelta para el final, hecho que aprovechó Fernando Alonso para adelantarle.

Eso les hizo perder cinco posiciones; por lo que Heikki salió 8.º, por detrás de Alonso.

A pesar de ello, corre en Turquía, donde tras clasificarse segundo por primera vez en su carrera deportiva tiene problemas con un neumático en la salida, viéndose obligado a parar en boxes y acabando 12.º tras realizar un buen número de adelantamientos.

En Mónaco, tras tener problemas en la salida y las primeras vueltas, Heikki consigue remontar hasta la octava posición.

En Francia resurge de sus cenizas, protagonizando una gran remontada hasta el cuarto puesto.

Antes del Gran Premio de Hungría, Martin Whitmarsh confirmó que Kovalainen seguiría en McLaren en 2009.

[11]​ En 2009, Kovalainen sigue con el equipo de Woking, esperando luchar por el campeonato en su segundo intento con McLaren.

Eso hizo poner en duda su futuro en el equipo el próximo año, pero con las mejoras en su coche en Nürburgring reacciona y logra volver a puntuar con un octavo puesto, mientras en Hungría consigue una 5.ª plaza.

En la última carrera del año en Abu Dabi, Heikki sale 18.º luego de una penalización por cambiar la caja de cambios, y en la carrera remonta posiciones pero no logra puntuar, acabando 11º.

[13]​[14]​ El primer monoplaza de la escudería, el Lotus T127, no fue nada competitivo y el objetivo se limitaba a acabar las carreras, misma meta que tienen los otros equipos nuevos, Virgin e Hispania.

Heikki siguió compitiendo con el equipo en 2012, ahora llamado Caterham; pero apenas hubo progresos y no fue renovado para 2013.

En 2015 disputó el Super GT Japonés con un Lexus RC del equipo SARD, acompañado de Kōhei Hirate.