Al año siguiente obtuvo un papel secundario en la película de John Carpenter In the Mouth of Madness.

Christensen fue aclamado por la crítica por la interpretación de un adolescente incomprendido en Life as a House (2001) el que le valió nominaciones a los Globos de Oro y los Premios SAG, así como National Board of Review le entregó el premio Breakthrough Performance of the Year.

Su gran salto lo dio el 12 de mayo de 2000, cuando George Lucas, lo escogió entre cuatrocientos candidatos para interpretar a Anakin Skywalker (que anteriormente había sido desempeñado por Sebastian Shaw y Jake Lloyd) incluso superando al propio Leonardo DiCaprio que también había audicionado para el papel.

En 2003, interpreta a Stephen Glass en Shattered Glass, que narra la historia real de ese joven periodista, que fue descubierto por inventar historias para el diario The New Republic, y participa en el programa de televisión Eco Challenge Fiji, junto con sus hermanos mayores, Tove y Hejsa.

[11]​[12]​ En septiembre de 2008 se anunció que Christensen y Paul Walker habían firmado para estar en la película Takers, en cines en 2010.

Hayden Christensen y su expareja, la actriz Rachel Bilson, hicieron público en mayo de 2014 que estaban esperando su primer hijo.