Se encuentra ubicado en el norte del país, en el entorno del nacimiento del río Campo y del río Ivindo.
El topónimo del departamento hace referencia al curso alto del primer río, que también se llama río Ntem.
La mayor parte del parque nacional de Minkébé pertenece a Haut-Ntem.
El departamento es fronterizo con Camerún y con la República del Congo.
[2] Contiene cuatro subdivisiones de tercer nivel (población en 2013):[3]