Según Carla del Ponte, exfiscal del Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia, unas 300 personas capturadas en territorio kosovar fueron enviadas a Albania con este macabro fin.

[14]​ Un análisis reciente de la delincuencia organizada en Kosovo, elaborado por el Bundesnachrichtendienst (servicio de inteligencia alemán), así como un informe confidencial contratado por el Ejército alemán, acusan a Thaçi, así como a Ramush Haradinaj y a Xhavit Haliti de una importante participación en el crimen organizado.

El BND escribe: "Los actores clave (incluyendo Haliti, Haradinaj y Thaçi) están íntimamente vinculados a las interrelaciones entre la política, los negocios y las estructuras de la delincuencia organizada en Kosovo".

Además, se le acusa, junto con Haliti, de ordenar los asesinatos cometidos por un sicario profesional, Afrimi, presuntamente contratado para llevar a cabo, al menos, 11 asesinatos.

El 19 de noviembre, la Unión Europea advirtió a Thaçi y sus aliados albaneses que no llevaran a cabo la declaración de independencia sin antes realizar una consulta.

[16]​ Desde su llegada al poder, la caótica situación económica del país empeoró (debido también a la crisis económica mundial),[17]​ y la prensa occidental ha señalado la corrupción y el mal gobierno como factores que "socavan su precaria legitimidad internacional".

Según las investigaciones, Hashim Thaçi es uno de los jefes del entramado mafioso.

[21]​ Los órganos humanos a los que alude el informe proceden de víctimas serbias,[22]​[23]​[24]​ y corresponden al caso denunciado por Carla del Ponte en 2008.

[25]​ Según informes aparecidos en 2011, la OTAN y los gobiernos occidentales tenían conocimiento desde 2004 de que Thaçi era «un actor clave de la mafia y el crimen organizado en la región balcánica».