Como "sophomore", Thabeet incrementó sus prestaciones hasta 10,5 puntos, 7,9 rebotes y 4,5 tapones.

En su tercera temporada, la 2008-09, Thabeet promedió 13,9 puntos y 10,8 rebotes, consiguiendo su primer triple-doble ante Providence College en enero de 2009.

Su increíble altura le permitió acabar la temporada con 152 tapones en el total de su carrera deportiva.

Fue nombrado, de nuevo, mejor jugador defensivo de la Big East y Big East Player of the Year junto a DeJuan Blair.

En abril de 2009, Thabeet se declaró elegible para el draft de ese mismo año, inmediatamente se le comenzó a relacionar en los puestos altos del draft, pese a las críticas a su nulo rendimiento ofensivo y escasa capacidad de movimiento en el poste, además de su poca musculatura.

Tras la retirada de los pívots Yao Ming y Žydrūnas Ilgauskas al finalizar la Temporada 2010-11, Thabeet se convierte en el jugador más alto de la NBA.

[12]​ Fue el máximo reboteador y taponador de la temporada, ganado el premio al jugador defensivo del año.