Balta empezó su carrera en Alemania, en equipos de jueveniles.
En 2007 ficha por su actual club, el Galatasaray, equipo que para hacerse con su ficha tuvo que pagar 750.000 €, dar a un jugador ( Ferhat Öztorun) y ceder a otros dos (Anıl Karaer y Aydın Yılmaz).
Con este club ha ganado el título de Liga en su primera temporada.
En esa competición su equipo realizó un gran papel, llegando a semifinales.
Hakan Balta fue un fijo en el once titular y disputó todos los minutos de ese torneo.