En 1330 viajó hasta la capital feudal de Kamakura para ser nombrado Rokuhara Tandai Kitakata.

[1]​ En 1333, cuando el Emperador Go-Daigo recibió el apoyo de Ashikaga Takauji y Akamatsu Norimura, antiguos aliados del shogunato, decidió atacar directamente Kioto, en especial a la guarnición Rokuhara.

Tanto Nakatoki como el Minamikata Hōjō Tokimasu tuvieron que movilizarse a las provincias del este junto con los emperadores Kōgon, Go-Fushimi y Hanazono; pero mientras estaban en la provincia de Ōmi fueron emboscados por fuerzas imperiales, causando la muerte de Tokimasu.

A Nakatoki le quedó solamente replegarse hacia el templo de Renge-ji que se ubicaba en Banba, y luego de retirar a los emperadores del lugar (éstos regresaron seguros a Kioto), viendo la inevitable derrota del shogunato, decidió que tanto él como sus hombres debían realizar el seppuku.

Los gorintō (pagodas memoriales) de los 432 fallecidos se encuentran actualmente en el Renge-ji.