Se encuentra en Catamarca, Córdoba, La Rioja, San Juan y Santiago del Estero, en elevaciones de 100 a 1100 m s. n. m. La especie se encuentra en el Parque Provincial Guasamayo y el Parque nacional Talampaya.

Gymnocalycium bodenbenderianum crece con tallos en forma de discos de color verde grisáceo, que apenas sobresalen por encima de la superficie del suelo y alcanza diámetros de hasta 8 centímetros y una altura de 2 a 3 cm.

Las 11 a 15 costillas son redondeadas y claramente tuberculadas.

Las tres a siete espinas, son curvadas hacia atrás, de color marrón negruzco y se vuelven grises con la edad.

Gymnocalycium bodenbenderianum fue descrita por (Hosseus ex A.Berger) A.Berger y publicado en Kakteen 221, 341.