[2]​ Borges gana sus primeras medallas internacionales importantes en Juegos Panamericanos de 1991, en La Habana.

[1]​ El brasileño se rompió en 1993, tres récords mundiales en curso corto.

Ganó dos medallas de plata en relevos 4 x 100 y 4 × 200 m libre.

[10]​ Al final de 1998 fue por tercera vez consecutiva rompiendo el récord mundial en los 4 x 100 metros libre, en curso corto por el relé brasileño.

En este torneo Trofeo José Finkel, Borges también alcanzó por última vez en su carrera, el récord sudamericano de corto curso 100 metros estilo libre con 47s14, y el estilo libre de 200 metros con 1m44s40.

[11]​[12]​ En 1999, Gustavo Borges llevó a Brasil al mejor resultado en la natación brasileña en los Juegos Panamericanos.

[13]​ En los Juegos Olímpicos de Sídney 2000, llegó el último podio olímpico a Borges, cuando, junto con Edvaldo Valerio, Carlos Jayme y Fernando Scherer, ganó la medalla de bronce para Brasil en 4 × 100 m libre, con la marca 3min17s40.

[18]​ En este torneo, Borges también alcanzó por última vez en su carrera, el récord sudamericano de piscina corta del estilo libre de 4 x 200 metros con 7m09s14, y el relevo 4 x 100 metros con 3m35s59.

Solo tomó parte en una carrera, el 4 × 100 m libre, donde Brasil terminó en el lugar 12 y no ganó una posición para la final.

[1]​ En 2012, Borges entró en el International Swimming Hall of Fame, convirtiéndose en el segundo brasileño en ser honrado por la institución - la primera fue Maria Lenk en 1988.