Ha jugado para el club Real Jaén CF en Andalucía, Melbourne Knights de Australia, y en Chile para Santiago Morning, Unión Española, equipo con el que logró ser reconocido por la IFFHS como el cuarto mayor goleador del globo en el año 2003 tras anotar 31 goles en total en el año y ser goleador de la Primera División en el torneo clausura con 21 goles, y en Fernández Vial en Chile, donde también fue goleador del torneo.

Además fue seleccionado uruguayo, etapa en la que compartió con jugadores como Gabriel Migliónico, Álvaro Recoba entre otros.

En la primera mitad del año 2007 ficha por el Necaxa de México, pero el técnico holandés Hans Westerhof lo descarta por un supuesto "sobrepeso", por lo que el buen atacante decide recalar en Colo-Colo.

En su debut clásico (es decir, en el primer partido que jugó con la camiseta del Club Nacional de Football contra el Club Atlético Peñarol), el día 24 de mayo de 2009, Gustavo Biscayzacú marcó tres goles para darle la victoria a Nacional por 3 tantos contra 2, convirtiéndose así en el sexto jugador en marcar tres o más goles en un encuentro clásico por el campeonato uruguayo.

Su último club fue el Boston River en 2015; El “Grillo” declaró que quería seguir jugando para cumplir una meta.