En 1996 gana su primer título estatal,[10]​ participando así nuevamente en la Serie C de ese mismo año,[10]​ pasando en primer lugar de su grupo por sobre Sampaio Corrêa, Kaburé y Caxiense, en la siguiente ronda fue eliminado por Vila Nova.

[11]​ Al año siguiente repitió el título estatal, sin embargo no clasificó a ningún torneo ya que ese año el Campeonato Tocantinense no otorgó ningún cupo.

En 2003 es subcampeón estatal,[13]​ clasificándose así a la Serie C del año siguiente.

[15]​ En 2010 se convierte en campeón estatal por tercera vez,[16]​ obteniendo la clasificación a la Copa de Brasil por primera vez, donde fue eliminado en la primera ronda por el Paraná Clube.

Vuelve a ser campeón estatal en 2011[18]​ y 2012,[19]​ pero en 2013 el club amenazó con no participar en la competición estatal según ellos por la falta de apoyo en la ciudad, pero aun así participaron (logrando ser subcampeones).

[31]​ En su regreso al Campeonato Tocantinense de 2021, tuvo un comienzo paupérrimo que lo comprometió con el descenso, ya que perdió sus cuatro primeros partidos (recibiendo 17 goles), consiguió un empate ante el igual complicado con el descenso Capital.

Tras la reanudación del torneo ocho meses después, se acordó anular los descensos ese año, salvando así al Gurupi, quien terminó su participación perdiendo 4 a 0 ante Interporto.