También les solicitaba a otros conocidos que le enviaran especímenes.Junto con el historiador Gerhard Schönning y con Peter Friederich Suhm fundó la Sociedad Trondheim en 1760.Fue vicepresidente y Director Perpetuus de esta Sociedad desde 1767 a 1773.La sociedad comenzó a publicar un semanario en 1761, titulado Det Trondhiemske Selskabs Skrifter, actualmente publicado como Det Kongelige Norske Videnskabers Selskabs Skrifter.Gunnerus fue el primero en sugerir que las luces del norte estaban causadas por el Sol, también podría haber auroras alrededor de la luna, Venus y Mercurio.
