Ese intento falló por un subprograma imprevisto En el 2370 Dukat empezó a distanciarse del Comando Central de Cardassia, cuando intentaron convertirlo en chivo expiatorio de los trapos sucios suyos que contribuyeron a la creación de esa organización, acontecimiento que ocurrió cuando fue raptado por la organización.

Desde entonces Gul Dukat combatió al Maquis dentro de sus posibilidades y hubo cierta mejoría en la relación con Sisko.

Después de ello se convirtió en consejero militar del gobierno civil y cuando los Klingons atacaron Cardasia pensando que el acontecimiento fue obra del Dominio, Gul Dukat luchó contra ellos.

Tuvo una hija ilegítima llamada Tora Ziyal, producto de una relación con una bajorana durante la ocupación en Bajor.

Tora Ziyal fue asesinada en el 2374 por un subordinado de Dukat cuando tuvieron que evacuar la estación espacial Espacio Profundo 9 durante la guerra.