La cúpula sur fue construida para albergar el mihrab en 1086-1087 por Nizam al-Mulk, el famoso visir de Malik Shah, y era más grande que cualquier cúpula conocida en su época.

La cúpula fue sin duda construida como una réplica directa a la anterior cúpula sur, y con éxito, reclamando su lugar como una de las obras maestras de la arquitectura persa por su claridad estructural y equilibrio geométrico.

También se añadieron iwanes en etapas bajo los selyúcidas, dando a la mezquita su actual forma de cuatro iwanes, un tipo que posteriormente llegó a ser frecuente en Irán y en el resto del mundo islámico.

La intervención safávida fue en gran parte decorativa, con la adición de muqarnas, azulejos vidriados y minaretes que flanquean el iwan sur.

[5]​ Los orígenes de esta mezquita se encuentran en el siglo VIII, pero se quemó y fue reconstruida de nuevo en el siglo XI durante la dinastía selyúcida y pasaron por la remodelación muchas veces.