Daigo Otaki es el piloto y controla a un robot contenedor del tamaño poco mayor al de un humano, llamado Protteser, después de entrar en Protteser este entra en el siguiente robot contenedor llamado Delinger.
La Tierra se ha convertido en una zona desolada llena de desiertos y los supervivientes trabajan para reconstruir sus comunidades.
Al llegar a adulto, Daigo decide viajar a la ciudad de Victor Town (una ciudad ideal construida en el centro de una tierra estéril) y enlistarse en las Fuerzas Especiales Mechacon.
Justo en la batalla aparece el robot Gordian y destruye a gran parte de los invasores, salvado la vida de Daigo, las Fuerzas Mechacon y a Victor Town, Daigo es tomado por Gordian y descubre a una hermana que desconocía, Saori, y que el robot fue construido por su difunto padre anticipando una posible invasión como la que sucedió en Victor Town.
Desde ese momento Daigo se convierte en el piloto de Gordian el Guerrero, que lucha contra las fuerzas invasoras Madoctter.