[1]​ La formación de Gonzalo estuvo orientada hacia el negocio familiar.

(Unión Agroganadera de Álava), sindicato agrario que agrupa a agricultores y ganaderos de esta provincia y que está a su vez integrada en el sindicato agrario vasco EHNE.

En enero de 2002, 6 meses después de iniciarse la VII Legislatura del Gobierno Vasco, el lendakari Ibarretxe nombró a Sáenz de Samaniego consejero de agricultura, pesca y alimentación del Gobierno Vasco en sustitución de Iñaki Gerenabarrena, que había asumido en aquel momento la presidencia del PNV en Álava y por tanto se iba a dedicar a labores internas del partido y a preparar las próximas elecciones forales.

Tras ser desbancado su partido del Gobierno Vasco por una coalición postelectoral del PSE-EE/PSOE y PP tras las elecciones vascas de 2009, Sáenz de Samaniego abandonó su cargo y se reintegró a su trabajo en la bodega familiar.

Durante sus años de gestión al frente de la consejería se tuvo que enfrentar a varias crisis que afectaron al sector primario vasco: En 2012 entró a formar parte del Euzkadi Buru Batzar, máximo órgano político del PNV.