Para el despacho de los asuntos administrativos que le competen al Gobernador del Estado de Chiapas y la preservación del orden constitucional, el Gobierno del estado cuenta con las Dependencias y entidades de la Administración Pública que establezcan las leyes, o los decretos y acuerdos que, conforme a ellas, expida el titular del Poder Ejecutivo o el Poder Legislativo; a su vez, tiene bajo su mando a los cuerpos de Seguridad Pública del estado de Chiapas.

La Administración Pública centralizada que se encuentra bajo mando del Poder ejecutivo, se encuentra reglamentada en la Ley Orgánica de la Administración Pública del estado de Chiapas.

La Secretaría de Honestidad y Función Pública es la dependencia del Gobierno del estado de Chiapas encargada de vigilar la disciplina y el actuar de los funcionarios públicos del Gobierno del estado y aquellos con quienes el gobierno establece relaciones de coordinación, así como de la imposición de sanciones administrativas a estos.

El Instituto de Ciencia, Tecnología e Innovación del Estado de Chiapas tiene como objetivo principal, planear, coordinar, establecer, promover y evaluar las políticas públicas y los programas en materia de ciencia, tecnología e innovación en el Estado de Chiapas.

Dirigir sus acciones a la comunidad científica y tecnológica, estudiantes, empresas, organizaciones, dependencias y entidades del Poder Ejecutivo y a la sociedad en general, para desarrollar, consolidar y articular el Sistema Estatal de Ciencia y Tecnología; incrementar la competitividad de las organizaciones productivas y desarrollar una sociedad capaz de generar y utilizar conocimiento para su propio beneficio, mediante el apoyo a proyectos de investigación, desarrollo y transferencia de tecnología, formación de científicos y tecnólogos; así como la difusión, divulgación y enseñanza de la ciencia y tecnología.