Moritz con Coira, Disentis/Mustér, Andermatt, Brig, Visp y termina en Zermatt en el cantón suizo de Valais.
El tramo entre Oberwald y Realp sólo se podía circular durante 4 meses en verano, debido a las grandes nevadas y subsecuentes avalanchas que amenazaban la zona, por lo que el resto del año no operaba el Glacier Express.
Fue este tramo precisamente el que le dio el nombre al tren, puesto que era posible observar el glaciar del Ródano desde el tren, durante la bajada de Muttbach-Belvédère a Gletsch y vuelta.
En 1982 se inauguró el túnel de base del Furka, lo cual hizo posible que el Glacier Express circulase todo el año.
Los turistas reciben al inicio del viaje unos auriculares, los cuales se conectan a enchufes en los asientos para poder escuchar audio con información histórica y descriptiva de los lugares que se recorren.