Pronto se divorció después de que su esposo le transmitiera la gonorrea.
A pesar del prejuicio y muchos contratiempos, se graduó en 1882, y después de numerosas solicitudes, finalmente se le permitió pasar el examen para poder dedicarse a la práctica médica en 1885.
Abrió el Hospital Ogino en Yushima, especializándose en obstetricia y ginecología, en Tokio el mismo año como la primera mujer registrada como médico.
Ogino se casó con un clérigo protestante y visionario utópico, Yukiyoshi Shikata, en 1890, y fue con él a Hokkaidō en 1894, donde abrió una clínica médica.
También fue activa en la asociación Woman's Christian Temperance Union (WCTU).