En 2011 anunció que renunciaba a la categoría profesional por razones económicas.

Las formaciones firmaron un convenio de colaboración, y dejaron sus plazas para apoyar al nuevo club.

Su debut en División de Honor fue en la campaña 2003/04, aunque solo permaneció un año al acabar en decimocuarto puesto.

Guadalajara retornó a la máxima categoría en el año 2005/06, con un nuevo campeonato de Plata.

Ese año, Guadalajara terminó colista, y bajó a División de Plata.