Jugó de mediocampista y su último equipo fue Querétaro FC de la Primera División Mexicana.

Germán Villa debutó en el Club América de la primera división mexicana el domingo 29 de septiembre de 1991 en el campo del club León.

Luego, Villa regresó en 1999 al América, y en el año 2000 fue transferido al Necaxa donde solo jugó un torneo.

El verano de 2000 volvió al América, para luego pasar, el torneo clausura 2009, al club Necaxa junto a su excompañero americanista Alfredo Moreno.

En enero del año 2011, anunció su retiro como jugador de fútbol profesional.