Por una parte este organismo está considerado por muchos autores como un liquen al ser una simbiosis simple entre un hongo y una cianobacteria.

Dada la diversidad de líquenes conocida y su origen parafilético es difícil marcar más caracteres comunes a todos estos organismos.

Ya que Geosiphon no cumple este criterio de complejidad algunos autores prefieren llamar a esta asociación consorcio endocitobiótico.

En la zona terminal de las hifas se forman clamidosporas únicas o en grupos reducidos.

[5]​ La vesícula está formada por una gruesa, elástica y transparente membrana de quitina fibrilar que mantiene una presión interna cercana a los 6 bares.

[13]​ La cianobacteria incorporada se vuelve de este modo metabólicamente activa en el interior de las vesículas que adquieren un color verde oscuro y pueden ser observadas sobre la superficie del suelo, expuestas a la luz solar.

[13]​[16]​ La simbiosis formada es beneficiosa para el hongo al conseguir una fuente endógena de azúcares sintetizados por la cianobacteria.

Esta ventaja es mayor aún en este hongo pues su membrana externa es particularmente impermeable a moléculas de un tamaño mayor a 0,45 o 0,5 nm, lo que excluye por ejemplo la incorporación de glucosa del medio externo.

[3]​ Dada la complejidad de este organismo su nombre científico fue utilizado en un principio para nombrar únicamente al simbionte, desde la concepción de que era un único organismo perteneciente al grupo de los líquenes, y posteriormente hasta la actualidad sólo para el hongo, manteniendo la denominación «simbiosis Geosiphon» o «simbiosis Geosiphon-Nostoc» para el consorcio.

[23]​ Geosiphon pyriforme fue descubierto en 1862 por Friedrich Traugott Kützing y descrito originalmente como un alga sifonal de nombre Botrydium pyiriforme.

El descubrimiento de la naturaleza simbiótica del organismo no tuvo lugar hasta que en 1915 Fritz von Wettstein identificó la presencia en el talo de un hospedador o macrobionte, un alga sifonal heterotrófica, y una cianobacteria ya conocida, Nostoc.

La verdadera naturaleza del hospedador principal fue finalmente reconocida en 1933 por Edgar Knapp al identificar al macrosimbionte como un hongo e intentar cultivar y reproducir el talo del simbionte a partir de sus componentes sin éxito.

[22]​ Este proceso de cultivo fue finalmente logrado por Dieter Mollenhauer y Rosi Mollenhauer que en 1988 consiguieron obtener el talo completo del consorcio a través de un complejo proceso en el que se ponían en contacto esporas del hongo obtenidas en su medio natural y que de por sí podrían únicamente formar un micelio con cultivos de Nostoc filamentoso en medios con un muy bajo contenido en fosfato para evitar la excesiva proliferación del alga.