[4]​[7]​ Mientras en ambas instituciones, reunió material para producir su obra fundamental La Microscopía de Agua Potable.

Muchos artículos notables fueron incluidos en el libro, pero dos se merecen una mención especial.

[9]​: 113–29 En 1904, Whipple se unió a Allen Hazen en una empresa de consultoría.

Sus oficinas se encontraban en la ciudad de Nueva York y sirvió a clientes en todo los EE. UU.

Recomendó en ambas ocasiones que la filtración del lago Sebago no era necesaria.

[18]​[19]​ Después de su presentación, el público lo atacó verbalmente, incluso al suguerir que los productos químicos se utilizan para desinfectar el agua potable.

Como era común durante ese período de tiempo, no se proporcionó tratamiento (excepto para la detención y la sedimentación fomentada por el Embalse Boonton) al servicio.

En el primer juicio, testificó que el agua que se suministraba a la ciudad estaba contaminada con bacterias de descargas de aguas residuales en la cuenca por encima del depósito.

Otros peritos de los demandantes incluyeron a Earle B. Phelps, Charles-Edward A. Winslow y William T.

[2]​ Junto con sus mentores, William T. Sedgwick, y Milton J. Rosenau, Whipple fundó la Escuela de Salud Pública en 1913 que fue apoyado conjuntamente por la Universidad de Harvard y el MIT.

[2]​ Whipple era un voluntario activo y asesor de la Cruz Roja Americana.

En 1917 y con el grado de Mayor, fue nombrado Comisionado Adjunto a Rusia.