Nissen es conocido sobre todo como biógrafo de Wolfgang Amadeus Mozart, con cuya viuda Constanze Weber se había casado en 1809.
Desde 1812 hasta 1820, la pareja vivió en la calle Lavendelstræde 1 en Copenhague.
Nach Originalbriefen, Sammlungen alles über ihn Geschriebenen, mit vielen neuen Beylagen, Steindrücken, Musikblättern und einem Facsimile.
Intentó documentar lo que se había escrito hasta el momento sobre Mozart, y proporcionar una descripción apropiada de la vida de Mozart a partir de fuentes primarias, principalmente las cartas de la familia Mozart y su mujer, Constanze, como testigo.
Nissen merece crédito sobre todo por sus esfuerzos por recoger todos los documentos relacionados con Mozart, empezando por las cartas de la familia, e incluyendo medallas conmemorativas y monumentos.