Dichas montañas son atravesadas por el río Indo, principal río del país, nacido en la meseta tibetana, y que recorre Pakistán de norte a sur, hasta desembocar en un gran delta que provoca inundaciones estacionales.

La mayor montaña es el K2, con una altura de 8611 metros sobre el nivel del mar, situada en la frontera china del Karakorum, donde se pueden encontrar también hasta tres montañas más que superan los 8000 metros.

En Pakistán también se encuentra el ochomil más occidental del planeta, el Nanga Parbat, con 8125 metros.

La frontera india del este y sureste es parte de una extensa zona desértica.

Algunos geógrafos añaden otras regiones, como las cadenas al sur del Himalaya (meseta de Pohohar, sierra de Salt) o la frontera oriental con la India, al sur del río Sutlej (o Satlush).

Más al norte, separada por el río Indo, se encuentra la cordillera del Karakorum.

Por lo demás, en los años 1970 se construyó la carretera del Karakórum, que atraviesa estas montañas entre Gilgit, en Pakistán, y Kashgar, en China.

Al noroeste de Pakistán se encuentra el Hindu Kush, cuyas cadenas montañosas tienen la dirección sudoeste a nordeste, mientras que las del Karakórum van de sudeste a noroeste, para unirse ambas en la Cordillera del Pamir.

En el extremo norte, los picos están cubiertos de nieve y hielo, con cimas como el Tirich Mir, de 7690 m. Más al sur, las montañas están cortadas por profundos valles desolados por los que discurren los ríos Kunar, Panjkora y Swat, que alimentan el río Kabul, afluente del Indo.

La cima más alta es el monte Sikaram, de 4761 m, que separa ambos países.

La cuenca del Indo es una gran llanura aluvial formada por cieno del Indo, cuya pendiente desde la base de las montañas hasta el mar de Arabia apenas desciende cinco metros por cada km.

El mayor de los doabs es el Sindh Sagar Doab, entre los ríos Jhelum e Indo.

La población es muy baja en todo el Beluchistán debido al terreno montañoso y la escasez de agua.

La esquina noroeste está dominada por las montañas de Sulaimán, con el paso Bolan como camino natural entre Afganistán y Kandahar.

El Indo nace en el Tíbet, en China, y enseguida entra en Pakistán, donde recibe por la izquierda al río Zanskar.

Antes de girar hacia el sudoeste, el Indo recibe al río Gilgit, también por la derecha, que nace en el lago Shandoor, y luego al río Kabul, alimentado por los ríos Swat y Kunar, nacidos en el Hindu Kush.

Pero los ríos más importantes proceden del Himalaya y desembocan por su parte izquierda.

Son las cinco aguas que dan nombre al Punjab, los ríos Jhelum, Chenab, Ravi, Beas y Sutlej.

[8]​ Entre todos forman la gran llanura del Indo, que en su mitad inferior muy seca, apenas recibe afluentes hasta su desembocadura.

[9]​ Las más destacables son: List of dams and reservoirs in Pakistan Gran parte de Pakistán tiene clima tropical o subtropical, semiárido o desértico, pero en el norte, en las montañas, el clima es húmedo y frío, y en los picos más altos, es muy frío.

En el sur, en la costa del mar de Arabia, el clima es desértico o semidesértico.