El legado humano en el altiplano de General Lagos se rastrea hasta hace aproximadamente 11.500 años, durante la transición entre las eras geológicas del Pleistoceno al Holoceno.

En ese entonces, cazadores y recolectores usaron la zona de Hakenasa como refugio, aprovechando un clima menos frío que en periodos anteriores.

[4]​ La ubicación geopolítica de General Lagos ha sido siempre un tema delicado, sujeto a las tensiones políticas entre los países vecinos, principalmente Perú y Chile.

Los recursos naturales del altiplano jugaron un papel crucial en las negociaciones y delimitaciones territoriales entre estos países.

Otros caseríos que conforman la comuna son: Cosapilla, Guacollo, Chujlluta, Ancopujo, Pucoyo, Nasahuento, Putani y Villa Tacora.

La comuna de General Lagos se divide en los siguientes distritos:[18]​ Su actual alcalde es Álex Castillo Blas (PRCh),[19]​ quien es secundado en su labor por el Concejo Municipal, el cual para el período 2024-2028 está conformado por los concejales: Pertenece al Distrito Electoral n.º 1 y a la 1.ª Circunscripción Senatorial .

[20]​ Cada domingo se realiza la "Feria del Hito Trifino", donde el producto más codiciado es el cocoroco, licor chileno/boliviano de 93°.