A los pocos meses de fundado formó parte de la Asociación Nacional —luego llamada Liga Nacional—, en donde militó hasta el año 1916.

Al año siguiente, el primer equipo fue ganador de la Copa Unión B de la AFS, mientras que el segundo equipo obtuvo el subcampeonato de la Copa Independencia B.

Luego, en 1919, el club ganó la Copa Chile en empate con Morning Star.

[1]​ En 1922 su primer equipo se alzó con la sección Uruguay de la Copa Chile.

[3]​ El directorio del General Borgoño Football Club, correspondiente a la temporada 1920, estuvo compuesto por:[4]​