Es notable en esta obra su carácter sistemático (según Gilles Deleuze, estaríamos ante «el libro más sistemático» del pensador alemán),[1]​ ya que Nietzsche suele escribir en forma de aforismos breves, poéticos, metafóricos y nada organizados, dado su rechazo del pensamiento conceptual, incapaz de captar la realidad que es incesante devenir.

La genealogía consta de tres tratados: El primero se titula «Bueno y Malo» (Gut und Böse).

[2]​ Este análisis es un primer paso para llegar a la «transvaloración» de todos los valores.

La moral judeocristiana, negadora de la vida, es la que ha imperado en occidente durante veinte siglos y ha penetrado toda la cultura.

El método genealógico se va a aplicar a los conceptos `bueno' y `malo' buscando cuál es el origen de estos dos valores para ver qué sentido tuvieron en su origen, y si éste se ha mantenido o ha cambiado.

«Bueno» y «malo» no tuvieron en su origen el sentido que les ha dado la moral cristiana.

A esta inversión de la moral (concepto al que Nietzsche se referirá con el término «transvaloración») se procede de la siguiente manera: Nos encontramos dos fórmulas: “Yo soy «bueno», luego tú eres «malo»” y “Tú eres «malvado», luego yo soy «bueno»”.

Los términos «bueno» y «malo» no significan lo mismo, sino que según una u otra fórmula varía su sentido.

En la primera fórmula quien se afirma como bueno no toma como medida de sus acciones valores trascendentales o superiores, no se compara con los demás, sino que afirma soy «bueno» de un modo espontáneo, a partir de sí mismo, y lo hace porque es un individuo que afirma, goza, crea, actúa.

Son los poderosos, los superiores los que se consideran a sí mismos como buenos.

La moral judeocristiana no es más que un engaño de los débiles y decadentes para imponer su dominio.

La crueldad juega un papel fundamental en este tratado segundo, para Nietzsche “la crueldad constituye en alto grado la gran alegría festiva de la humanidad más antigua, e incluso se halla añadida como ingrediente de casi todas sus alegrías".

La mala conciencia es para Nietzsche la crueldad que al no poder exteriorizarse debido a que el hombre se encuentra encerrado en la sociedad, y obligado por ésta a ser pacífico, se vuelve hacia uno mismo.

Por último Nietzsche aspira a la superación del hombre mismo, de su voluntad de poder, a un ateísmo, a una segunda inocencia como dijimos antes, en la cual el hombre esté libre de deudas con sus dioses y vuelva natural aquella moral vista como innatural del hombre mismo.

Investiga la evolución de los conceptos morales desenmascarando todo lo existente, descubriendo que el hombre no es más que un ser instintivo siendo negado el significado de lo trascendente.

Fortaleza y exteriorización de la fortaleza son una y la misma cosa, pero la moral del resentimiento dice que el fuerte es libre de exteriorizar su fuerza o no.

La obra maestra es su idea de justicia: ellos son los justos y odian la injusticia.

A su esperanza de venganza la llaman victoria del Dios justo sobre los ateos.

Critica a toda moral como contranatural, que es la tradición cristiana y socrática.

La moral que niega la vida se justifica en Dios, y esto Nietzsche lo ve como un gran paso atrás de la humanidad.

Nietzsche es un vitalista, un hombre que quiere afirmar la vida y aceptarla tal cual es, sin enmascararla, que está dispuesto a experimentar la alegría de vivir la vida.