[3][4] Para definir y caracterizar un grupo de genes biosintéticos, primero se deben identificar todos los genes putativos dentro del grupo y se deben caracterizar sus funciones.
Estas alteraciones dejan intacta la unidad de transcripción y el promotor del gen, pero pueden involucrar promotores distales, elementos potenciadores / silenciadores o el entorno de la cromatina local.
Los genes putativos pueden identificarse agrupando grandes grupos de secuencias por patrones y ordenándolos por similitud mutua o pueden inferirse mediante cajas TATA potenciales.
[10] Se han desarrollado herramientas de software para identificar automáticamente genes putativos.
[11] Los productos proteicos se pueden identificar y ser utilizados para caracterizar el gen putativo que los codifican.