Actualmente juega en la 1 Lyga, segunda categoría del país.
Aunque Jonava había contado con otros equipos desde 1946, el actual FK Jonava fue fundado en 1991 como «Azotas Jonava» y se mantuvo durante más de dos décadas en las categorías inferiores.
[2] En 1994 pasó a ser patrocinado por la empresa de fertilizantes Achema, y en 1996 pasó a llamarse «FK Lietava» en referencia a un afluente del río Neris que atraviesa la ciudad.
[3] El equipo ha sido campeón de la Primera Liga hasta en cuatro ocasiones, pero no pudo ascender a la División de Honor por motivos económicos hasta el año 2015.
El debut en la máxima categoría tuvo lugar en la temporada 2016, y al año siguiente la entidad fue renombrada «FK Jonava».