Los agentes de la IMF entran al mundo del antiterrorismo, espionaje y crimen internacional.
Si un agente muere o es capturado, el gobierno rechaza cualquier conocimiento de sus acciones.
Aunque la serie declara que la IMF es una agencia independiente con vínculos con la CIA y la MI5, la película Misión imposible establece que la IMF es en realidad una división de operaciones encubiertas de la CIA.
En la cuarta película (Misión imposible: Protocolo fantasma) la agencia tiene que 'desaparecer' debido a que un terrorista de nombre en clave “Cobalto” ataca las instalaciones del Palacio del Kremlin en Rusia, culpando a Ethan Hunt (interpretado por Tom Cruise en la serie de películas), agente de la FMI, quien efectuaba una misión para recolectar información.
En el final de la quinta película (Misión imposible: Nación secreta) la agencia es restaurada con un nuevo director.