Se formó tras el colapso de la Unión Soviética en 1991, aunque el ejército no fue creado por el gobierno uzbeko hasta 1992.

La Fuerza Aérea consiste entre 10.000 y 15.000 personas, siendo la mayoría rusos a partir de 1995.

La Fuerza Aérea de Uzbekistán está asistida por la Fuerza Aérea de Rusia, se creó una academia aérea para entrenar a los uzbekos en Ozizak, a partir de ese año, trece bases aéreas estaban activas en Uzbekistán.

Debido a un acuerdo en la Comunidad de Estados Independientes, Rusia ayudó a mantener los aviones de la Fuerza Aérea de Uzbekistán y les vendió más aviones a un precio más barato que otros, como los Estados Unidos.

Las negociaciones fallaron y Uzbekistán cortó con la ayuda que le daba Estados Unidos reparando helicópteros.