Sin embargo, fue durante algunos años la organización política islamista más importante del país.

Los estudiantes reclamaban fundamentalmente reformas económicas y políticas, en un país de tradicionalmente laico desde su independencia.

Esto provocó un golpe de Estado militar que expulsó al presidente Chadli Benyedid.

[5]​ Estas organizaciones recelaban del nacionalismo laico y hasta 1956 no se unieron a la lucha contra Francia, liderada por el FLN, durante la guerra de independencia.

Esto les permitió crear un círculo intelectual importante, integrado por numerosos Hermanos Musulmanes, y emprender un proyecto de arabización e islamización del sistema escolar frente a la influencia francesa.

El islamismo argelino tuvo dos grandes tendencias en la segunda mitad del siglo XX, que se manifestaron desde antes de la fundación del FIS y que persistieron durante sus años de historia.

En 1982 Buyali pasó a la clandestinidad y fundó más tarde el Movimiento Islámico Armado Argelino (MIA).

La represión contra esta oposición no armada fue importante y Madani fue encarcelado durante dos años, al igual que otros muchos opositores.

No consiguió traducirse en un movimiento estructurado, ni quienes se manifestaban decidieron formar un partido político.

Fue el movimiento islamista el que encontró en estas revueltas la oportunidad para sumar apoyos.

El presidente Chadli Bendjedid declaró el estado de sitio ese mismo día, permitiendo al Ejército la intervención armada en las protestas.

El FIS se convirtió en una organización política legal en septiembre de 1989, y demostró inmediatamente su fuerza en las movilizaciones en la calle.

También consiguió sendas victorias en las primeras elecciones libres de la Argelia independiente, en 1990 y 1991.

Sin embargo, el FIS no logró unir a estos dos sectores sociales durante mucho tiempo (sí lo consiguió Jomeini en Irán[12]​), y con el estallido de la guerra el partido se dividió en dos facciones antagonistas, el GIA (Grupo Islámico Armado) y el AIS (Ejército Islámico de Salvación), que representaban a esos dos colectivos.

El FIS llevaba a cabo una actividad caritativa en los municipios que controlaba, estableciendo un presupuesto para las clases más pobres.

Además, se erigieron en defensores de la moral islámica frente a la corrupción del FLN, se restringieron las vestimentas y los derechos de las mujeres y los gobernantes locales del FIS emprendieron una batalla contra la influencia francesa en la administración, a través del control de estos pequeños municipios.

[16]​ Nombró un nuevo primer ministro, Said Ahmed Ghozali, que aplazó las elecciones hasta diciembre.

Criticaban la vía política de Madani, y tras esta escisión, los tecnócratas jazaristas intentaron hacerse con el control del partido.

En julio, el ingeniero Abdelkader Hachani consiguió hacerse con el poder del FIS, y también pasó por la cárcel en los meses siguientes.

[18]​ La fragmentación del FIS llevó consigo un enfrentamiento cada vez mayor entre la burguesía y la juventud urbana de clase baja, que fue el primer sector social movilizado por los islamistas.

La burguesía, favorable a los antiguos líderes del FIS, se inclinó por el brazo armado del partido, el Ejército Islámico de Salvación (AIS), y la juventud urbana pobre se decantó durante los primeros años de la guerra por un conjunto de grupos armados que después formarían el Grupo Islámico Armado (GIA).