En 1979, fue el primero en excavar y levantar un plano del sitio de Chupacigarro (Caral) e indicar su origen Pre-Cerámico (Arcaico).

Frederic Engel ha marcado profundamente los estudios arqueológicos del pasado prehispánico peruano, y en especial los de la costa sur peruana para los períodos tempranos (Arcaico y Formativo).

Sitios arqueológicos definidos inicialmente por él son ahora base de importantes estudios.

Además, es el último investigador en haber trabajado en la península de Paracas, zona clave para la Arqueología peruana.

Dentro de este programa se realizaron investigaciones en los sitios del Precerámico Tardío de Asia (Engel 1963), Río Seco (Wendt 1964) y El Paraíso (Engel 1966), que incluyeron la restauración de la estructura conocida como Unidad 1, en el último sitio.