Nacido en Graz, Austria, en aquel momento parte del Imperio austrohúngaro, Fred Sauer inició su carrera artística en Austria, actuando en compañías teatrales itinerantes.
Sus primeros trabajos en el cine fueron como guionista y actor en películas dirigidas por Joseph Delmont: Dichterlos (1912), Auf einsamer Insel (1913), Das Tagebuch eines Toten (1913) y Das Recht aufs Dasein (1913).
En 1915 se inició en la dirección, rodando Der Strumpf, ganándose en los siguientes años un gran prestigio como director de películas mudas.
Entre sus películas se incluyen también dos comedias de la pareja de cómicos daneses formada por Carl Schenstrøm y Harald Madsen: Mädchenräuber (1936) y Blinde Passagiere (1936).
Fred Sauer falleció en Berlín, Alemania, en 1952, a los sesenta y seis años de edad.