Obtuvo su doctorado en 1965 en la Universidad Ludwig Maximilian de Múnich estudiando bajo la tutela de Josef Poelt.

Entre 1968-1969 Oberwinkler fue Experto Científico de la Organización para la Agricultura y la Alimentación en el Instituto Forestal Latino-Americano en Mérida, Venezuela.

En 1974 fue nombrado como sucesor de Karl Mägdefrau como Presidente de Botánica y Micología Sistemática en la Universidad de Tubinga y desde 1974 hasta su jubilación en 2008 fue jefe del jardín botánico de la Universidad, Jardín Botánico de la Universidad de Tubinga.

[2]​ En 2002 se convirtió en el fundador y redactor jefe de la revista académica, Mycological Progress.

Se retiró en 2008 convirtiéndose en profesor emérito del 'Grupo Organísmica Botánica' de la universidad y continúa como redactor jefe de la revista.